A w ciągu tych stuleci wiernie towarzyszą pątnikom duchowi opiekunowie kalwaryjskiego sanktuarium, ojcowie franciszkanie, zwani bernardynami.
Dziś pragnę im wyrazić wdzięczność za to umiłowanie cierpiącego Chrystusa i Jego współcierpiącej Matki, które z gorliwością i oddaniem przelewają tutaj w serca pielgrzymów.
Drodzy ojcowie i bracia bernardyni, niech dobry Bóg błogosławi wam w tej posłudze teraz i w przyszłości!
Jan Paweł II, 19 VIII 2002 r.
Z woli głównego fundatora Kalwarii Mikołaja Zebrzydowskiego, od ponad czterech wieków sanktuarium opiekują się Ojcowie Bernardyni:
„…Kiedy rozważaliśmy, której rodzinie zakonu św. Franciszka należy powierzyć szczególną troskę o wspomniane kościółki i kaplice, porozumieliśmy się w tej sprawie z Przewielebnym Księdzem Biskupem ordynariuszem miejsca. Dzięki naszemu planowi i jego autorytetowi uzgodniliśmy z przełożonymi zakonu Bernardynów, że skoro w Jerozolimie, przy sławnych miejscach dzieł naszego odkupienia, żyją zakonnicy nazywani Braćmi Mniejszymi Obserwantami, troszczą się o nie i zarządzają nimi, to ci sami Bracia Mniejsi Obserwanci przyjmą także zarząd nad całym tym miejscem i wybudowanymi przez nas w przyszłości kościołami i kaplicami oraz wspomnianym klasztorem. Oni także zatroszczą się o sprawowanie świętych obrzędów.
Dlatego my wspomniany kościół pod wezwaniem Świętego Krzyża, kaplicę Grobu Pańskiego i pozostałe kaplice, które już tam zostały wyznaczone lub będą wyznaczone do budowania, a wreszcie kościół Ukazania się św. Michała razem z klasztorem, który też, jak wcześniej powiedziano, będzie budowany, z całą górą Żarek w opisanych granicach, wreszcie z kompletem naczyń liturgicznych dla tych kościołów, z obrazami i figurami, meblami, kosztownościami, z jakiegokolwiek są materiału i jakiejkolwiek wartości, prawną mocą niniejszego aktu dajemy, ofiarujemy, zrzekamy się, przeznaczamy i przekazujemy tej właśnie rodzinie św. Franciszka Braci Mniejszych Obserwantów na zawsze i na wieki…”
Mikołaj Zebrzydowski, Akt fundacyjny 1602 r.
Maryjo proszę Cię w mojej intencji o uwolnienie z nałogów, złych nawyków, o zdrowie fizyczne, emocjonalne i psychiczne, bym umiał i mógł normalnie żyć. Proszę, abym był w stanie spłacać swoje kredyty, aby w pracy dobrze się układało (by moje miejsce pracy nie zostało zlikwidowane) i w życiu osobistym, abym nie czuł się samotny, odzyskał sens i radość życia. Uzdrów mnie proszę z nadciśnienia i otyłości.